Das hängt wahrscheinlich mit dem Waffeleisen zusammen; es ist eine sehr neue Redensart. Sie ist frühestens im 20. Jahrhundert entstanden. Man hat den Kopf oft mit diesem Waffeleisen verglichen, das immer so auf und zu geht. Deswegen konnte man jemandem auch "eins auf die Waffel geben". Das hieß zunächst, jemandem etwas auf den Mund geben.

Spaß an witzigen Formulierungen befeuert neue Redensarten

Wenn also jemand etwas an der Waffel hatte, dann wurde das Mundwerk auf den ganzen Kopf übertragen. Das hieß dann: Der ist nicht ganz sauber, der hat einen Vogel, der spinnt, der hat einen Spleen. Das sind alles solche Ausdrücke, die darauf zurückgehen. Es gibt eine ganze Reihe von fantasievollen Ausdrücken wie "Bauklötze staunen". Da ist das auch die Freude an der besonders witzigen Formulierung. Man sucht nach immer neuen Varianten.