Man geht davon aus, dass dieser Ausdruck, der in Berlin um 1900 modern geworden ist, wahrscheinlich aus der Jugend- oder zumindest aus der Umgangssprache kommt.

Weil's lustig ist: Erst trampelte man auf dem Geist, dann auf dem Keks

Ursprünglich sagte man "das geht mir auf den Geist" oder "der trampelt auf meinen Nerven herum". Letzteres ist ja schrecklich; das muss sehr wehtun. Von den Nerven kam man auf den Geist und fand dann immer neue Varianten. Irgendjemand dachte dann, dass man da ja einfach irgendwas einsetzen könnte und sagte aus Spaß: "Das geht mir auf den Keks." Das fanden andere so lustig, dass es sich unglaublich verbreitet hat. Es hat aber eigentlich keinen rechten Sinn, außer dem, dass es eben sehr lustig ist. Und inzwischen verstehen wir alle, was damit gemeint ist.